Gia đình Wesley thuộc dòng dõi người Saxon cổ, truy nguyên đến thời trị vì của vua Athelstan của Anh (924–939), khi Guy Wesley, hay Wellesley, là một võ quan hầu cận nhà vua. John Wesley là con trai của Samuel Wesley. Samuel tốt nghiệp Đại học Oxford và là mục sư thuộc Giáo hội Anh. Samuel kết hôn năm 1689 với Susannah, con gái thứ hai mươi bốn của Tiến sĩ Samuel Annesley, và chính bà cũng là mẹ của mười chín người con. Năm 1696 Samuel Wesley được bổ nhiệm làm quản nhiệm nhà thờ Epworth, tại đây John Wesley, người con thứ mười lăm của gia đình Wesley chào đời. Ông nhận lễ báp têm với tên John Benjamin Wesley nhưng không hề dùng đến tên lót Benjamin của mình.

Ông được cứu sống vào lúc sáu tuổi khi tư thất mục sư bị hoả hoạn. Lần sống sót này đã để lại ấn tượng sâu đậm trong tâm trí ông. John đã miêu tả về mình lúc ấy "như một thanh củi được rút ra khỏi đống lửa". Từ đó, ông kể mình như là đứa con của Ân sủng.[3]

Cậu bé John tiếp nhận giáo dục ban đầu từ người mẹ. Đến năm 1713, cậu được gởi đến trường Charterhouse tại Luân Đôn. Tại đó cậu học hành chăm chỉ, có phương pháp và (trong một thời gian) tỏ ra mộ đạo theo như cách cậu đã được dưỡng dục khi còn sống với gia đình. Năm 1720, John theo học tại trường Christ Church thuộc Đại học Oxford. Tại đây ông nhận văn bằng thạc sĩ vào năm 1727. Năm 1725 ông được phong chức chấp sự (một chức vụ trong Anh giáo chuẩn bị cho chức vụ mục sư), năm sau ông được bầu làm ủy viên (fellow) tại trường Lincoln cũng thuộc viện đại học Oxford. Ông đến làm phụ tá tại giáo xứ của cha ông trong hai năm. Sau đó ông trở lại Oxford.[4]